Главные преимущества GridION:
- Относится к 3-му поколению NGS-секвенаторов.
-
Одновременный и независимый процессинг от 1 до 5 проточных ячеек.
-
На разных ячейках можно секвенировать образцы, подготовленные по разным протоколам.
-
Простая и быстрая пробоподготовка без амплификации.
-
Длинные прочтения без ограничения по длине.
-
Низкая стоимость прочтения одного нуклеотида.
-
Возможность отслеживать параметры, контролировать процесс секвенирования и проводить бейсколлинг в реальном времени.
-
Небольшие размеры и вес прибора (36 х 36 х 20 cм, 11 кг).
-
Для работы не требуется внешней управляющей станции – она уже встроена в прибор.
-
Программное обеспечение для первичной и вторичной обработки данных установлено в приборе.
-
Встроенная управляющая станция обрабатывает данные в десятки раз быстрее, чем станционарный компьютер или ноутбук.
-
Возможность остановки запуска в любой момент времени.
-
Прибор не требует специального источника бесперебойного питания.
Программное обеспечение.
Программное обеспечение, необходимое для первичной и вторичной обработки данных (GridION Software и EPI2ME) уже установлено на приборе. Оно работает на ресурсах графического процессора, что позволяет в десятки раз ускорить сбор данных и бейсколлинг в реальном времени (по сравнению, например, с программой MinKNOW для MinION, работающей на ресурсах центрального процессора).
Интерфейс ПО, установленного на GridION, идентичен интерфейсу программ, используемым с другими секвенаторами Oxford Nanopore Technologies.
Области применения GridION.
- Полногеномное секвенирование de novo и ресеквенирование.
-
Облегчение сборки данных, полученных на других секвенаторах.
-
Детекция хромосомных аберраций.
-
Исследование альтернативного сплайсинга.
-
Определение копийности определенных последовательностей.
-
Анализ экспрессии генов.
-
Углубленное исследование образцов бактериального метагенома (с предварительной амплификацией полного гена 16S рРНК).
-
Детекция модифицированных нуклеотидов.
-
Анализ профиля метилирования и др.